El Doctorado en Economía Regional (DER) es un programa perteneciente al Padrón Nacional de Posgrado (PNP) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT). El DER iniciará con la primera promoción a partir del día 1 de Septiembre de 2008, actualmente la convocatoria está abierta para recibir solicitudes de alumnos potenciales que cumplan con el perfil de ingreso.

El DER tiene como antecedente inmediato la Maestría en Economía Regional (MER), Programa Institucional perteneciente al Padrón Nacional de Posgrado (PNP) de alta calidad del CONACYT. La Maestría se ofrece bianualmente desde 1996 en el CISE, a la fecha cuenta con cinco generaciones de egresados y la sexta está en proceso de formación.

El trabajo académico del CISE está determinado por el análisis de los cambios en la geografía económica de México, propiciados por el proceso de integración económica mundial. Esto ha permitido impulsar un amplio campo de reflexión teórica y de análisis empírico acerca de los factores determinantes de estas tendencias, así como de sus consecuencias.

Esta área de estudio ha recibido una creciente atención a nivel mundial y en la actualidad existen sólidas contribuciones a la fundamentación teórica y al análisis empírico de las consecuencias de la dinámica espacial de la actividad económica. Los desarrollos teóricos han ido a la par con significativos avances en el instrumental metodológico específico. A pesar de lo anterior, en México el área ha sido poco atendida en los programas de doctorado. El DER es un esfuerzo por cubrir este rezago en la formación de recursos humanos especializados en el área de los estudios económicos regionales.